Ο πολίτης απευθύνεται σε μηχανικό ο οποίος κάνει αυτοψία, αναλαμβάνει τη συλλογή των στοιχείων που απαιτούνται για την υπαγωγή στη ρύθμιση και υπολογίζει το «πρόστιμο». Στη συνέχεια συμπληρώνει και υποβάλλει ηλεκτρονικά αίτηση μέχρι την 7η Φεβρουαρίου  2015 (18 μήνες από την δημοσίευση του νόμου) και το ηλεκτρονικό σύστημα εκδίδει έναν «μοναδικό αριθμό» για το αυθαίρετο, εντολή για πληρωμή του κατάλληλου «τέλους υπαγωγής» στη ρύθμιση (παραβόλου), καθώς και το ύψος των πληρωμών σε σχέση με τον αριθμό των δόσεων που θα επιλεγεί από τον πολίτη.

Δίνεται στους πολίτες το κίνητρο να υποβάλλουν αίτηση τακτοποίησης εντός του 1^ου εξαμήνου από την ψήφιση του νόμου (7 φεβρουαρίου 2014) με την καταβολή του προστίμου σε 102 μηνιαίες δόσεις (ή 17 εξαμηνιαίες δόσεις). Για όσους υποβάλλουν αίτηση τακτοποίησης εντός του 2^ου εξαμήνου από την δημοσίευση του νόμου η καταβολή του προστίμου γίνεται σε 84 μηνιαίες δόσεις (ή 10 εξαμηνιαίες δόσεις).  Σε όσους υποβάλλουν αίτηση τακτοποίησης εντός του 3^ου εξαμήνου από την δημοσίευση του νόμου το πρόστιμο καταβάλλεται σε 60 μηνιαίες δόσεις ή (10 εξαμηνιαίες).

Υπάρχει ακόμα η δυνατότητα της εφάπαξ καταβολής του προστίμου με έκπτωση 20% και της πληρωμής του 30% προκαταβολικά με έκπτωση 10% .

Το τέλος καταβάλλεται (και ηλεκτρονικά μέσω web banking) σε Τραπεζικό ίδρυμα, η πληρωμή πιστοποιείται αυτόματα και ενεργοποιείται η διαδικασία ένταξης. Ακολουθούν οι πληρωμές των δόσεων για τις οποίες ενημερώνεται αυτόματα το σύστημα, με την πρώτη από αυτές να καταβάλλεται ένα μήνα μετά την πληρωμή του παραβόλου.  Στον πολίτη δίνεται κωδικός που θα του επιτρέπει την ενημέρωσή του για την καταχώρηση των δόσεων και το οφειλόμενο υπόλοιπο μέχρι την ολοκλήρωση της διαδικασίας.

Ο μηχανικός υποβάλλει στο σύστημα το σύνολο των απαιτούμενων στοιχείων και σχεδίων. Με τη διαπίστωση της πληρότητας αυτών, εκδίδεται αυτόματα από το σύστημα «ΒΕΒΑΙΩΣΗ ΡΥΘΜΙΣΗΣ ΑΥΘΑΙΡΕΤΟΥ», στην οποία θα αναφέρονται όλα τα στοιχεία του ενταγμένου στη ρύθμιση αυθαιρέτου. Η βεβαίωση είναι απαραίτητη για τη μεταβίβαση του αυθαιρέτου. Για την έκδοση της βεβαίωσης αυτής και κατ’ επέκταση οποιασδήποτε δικαιοπραξίας εν ζωή, είναι απαραίτητη η πληρωμή ενός ποσοστού του προστίμου της τάξεως του 30%.